Las religiones de los Mitos de Cthulhu son minoriatias, no pueden tener una base muy numerosa de seguidores. Al tener relativamente pocos seguidores se disminuiría la probabilidad de un roce con otra religión de los Mitos. Considerando cada culto o secta como una religión en si misma. Además son socialmente perseguidas. Adorar a dioses de otras dimensiones para los que un sacrificio humano es práctica usual, y cuyo fin último sería la destrucción de la civilización actual, sin duda es algo socialmente reprobable. Por lo que, al ser perseguidas, han de mantener un perfil de acción poco visible. Si actúan muy abiertamente, algún grupo de personajes con aires de héroe intentarán deternelos, o se encontrarán con alguna organización gubernamental (es lo que tiene practicar asesinatos y sacrificios aunque sean voluntarios). Con lo que supongo que lo normal es que luchen contra la religión predominante, que además les persigue, es decir, nuestra propia sociedad.
Hay alguna partida en la que sí que recuerdo una confrontación de religiones de los Mitos.
Guerra Santa es una partida de Delta Green, bastante buena, en la que dos primigenios se enfrentan y los jugadores acaban siendo sirvientes involuntarios de una facción
Resulta de Y'Golonac está quitándolo creyentes a Glaaki, aumentando su culto a coste del segundo. De manera que Glaaki da algunas pistas, abiertamente, a los investigadores para enfrentarse al culto de Y'Golonac
Otra opción de conflicto religioso, es el uso de reliquias y objetos de poder. Desde tomos con hechizos, hasta objetos imbuidos de poder, las partidas de la llamada de Cthulhu están plagados. Quizás sólo haya seis o siete copias del Necronomicón en el mundo, pero una copia es nombrada en una de cada dos partidas. Parece ser que para obtener un tomo con hechizos, o un objeto mágico, no hay nada mejor que aliarse con los Dioses Exteriores o los Primigenios. Aunque eso podría significar que diferentes grupos de adoradores de Nyarlathotep tuviesen diferentes objetos, cada uno con diferentes propiedades, y además entregados por diferentes avatares. Si no coinciden en la adoración del mismo avatar, aumentan las probabilidades de que el líder de una facción piense que ese objeto sería más útil en sus manos que en las manos del otro grupo de creyentes. El conflicto está servido.