En la ciudad donde viven los jugadores ha caído lo que parece ser un bólido, que provoca un estallido de luz y un apagón.
En realidad, ese bólido es un artefacto de los Mi-go que ha creado una simulación informática de toda la ciudad en un rango de 50 km, de todo ser vivo y de la mente de los humanos. A partir de este momento (justo en el inicio) los jugadores estarán en una simulación informática.
Los Mi-go tenían atrapada una mente de una entidad cósmica que ha escapado. Un grupo de amateurs en lo ocultismo han realizado un ritual de invocación en el ático de un rascacielos. Ese ritual ha liberado esa mente de su cautiverio. Y al llegar a la Tierra esa entidad ha ocupado un cuerpo de los invocantes (Julia). Los Mi-go han lanzado el artefacto para recrear una simulación informática de la ciudad y sus habitantes, y probar diferentes acercamientos para capturar a la mente. Tras cada intento fallido o acertado, se reinicia la simulación para probar unas acciones. Los habitantes son inconscientes de ello.. menos los jugadores.
La entidad, llamada Waiota, ha podido instalar un virus en la simulación. El virus ha activado un Glitch en las simulaciones de los jugadores. De manera que los jugadores serán conscientes de cada reiteración que hagan, mantendrán las memorias de las anteriores simulaciones y podrán detectar los Observadores que los Mi-go han introducido en la simulación.
La entidad, Waiota, desea engañar a los Mi-go para que estos piensen que tienen un curso de acción que lleve a su captura en la simulación. Y posteriormente, cuando se encuentre fuera de la simulación, tomar unas decisiones diferentes. Para conseguir huir, ha de introducirse en una central nuclear y transformar en plasma su cuerpo humano. Lo que le permitiría volver a las estrellas. Originalmente Waiota era una mente con un cuerpo de plasma que habita alrededor de estrellas.
Los Mi-go desean capturar la mente de Waiota. Para ello pueden usar los recursos de la ciudad (policías, SWAP, antidisturbios, helicopteros...) pero también disponen de Sintéticos (humanoides) muy bien armados.
Los jugadores podrán aliarse con Waiota, con los Mi-to, y obviamente cambiar de bando en diferentes momentos. Durante los sucesivos ciclos (las diferentes iteraciones) podrán ir descubriendo más detalles de la simulación. Y aprender estrategias a usar una vez sean transferidos a un cuerpo sintético en la realidad.
Un detalle, es que al finalizar la aventura se encontrarán que sus cuerpos son unas copias de ellos mismos. Sus "yo"'s reales siguen en la ciudad ignorantes de que les han realizado una copia de sus mentes y personalidades, y que existen unas replicas suyas físicas.